迁入平城京是持统天皇的孙子文武天皇掌权时所作的决定。但是，之后文武天皇（享年25岁）就驾崩了，他的母亲元明天皇即位，敲定了708年迁入平城京。从704年完工的藤原京迁到平城京时，已经是710年了。
平城京位于今天的奈良市及大和郡山市附近。虽然位置不远，但是因为计划到实行的时间短，迁都过去的时候只完工了朝廷的正殿太极殿以及其它官厅。
上面有谈到天皇生活的藤原宫在设在藤原京中央，但是平城京中，天皇生活的平城宫在平城京的北边。还有，藤原京几乎是呈正方形的都城，但是平城京是东西狭长的都城。
平城京和藤原京相比最大的不同是从北边的平城宫到南端的朱雀大路变宽了。并且以朱雀大路为中心，平城宫的左边叫“左京”，右边叫“右京”。在“左京”的更外面称为“外京”，那里有兴福寺、元兴寺等大的寺庙。
平城京的规模为24平方公里，作了74年的首都，被称为“奈良之都”。现在在奈良有复原的朱雀门和东院庭园可以去观赏。
长冈京
长冈京是日本第50代天皇桓武天皇下令建造的都城。长冈京在今天的京都向日市和长冈京市那一带。
那么问题来了，平城京好好地作了74年的首都，为什么又要建造长冈京呢？
其中有多种说法。第一个说法说是长冈京的所处位置很好，其附近有桂川和宇治川这样的河流，不用担心水的问题。再加上有河流的话就可以多方面的解决交通问题，相对以前就多了水上交通。
第二个说法是桓武天皇的血脉。平城京和藤原京的时代，是天武天皇一系的血脉。但是桓武天皇是天智天皇的那一系。天智天皇是天武天皇的哥哥，以中大兄皇子的身份被世人熟知。但是，天智天皇驾崩后，天智天皇的太子大友皇子和天武天皇争夺皇位，输给了天武天皇。到了桓武天皇这里，就有了不想要天武天皇一系所造的都城，想要自己新建一个都城的说法。
还有一个说法是寺院的权利过大（前面有说到平城京旁有大的寺院），为了削减他们的权利，所以要迁都。
长冈京最大的特点是桓武天皇把自己的宫殿造的比地面高了15ｍ以彰显自己的皇威。
可是长冈京的建造一点都不顺利，因为受到桓武天皇重用的藤原种继（也是主持建造都城的人）被暗杀。桓武天皇非常生气，要抓暗杀的主谋，听说主谋中有自己的弟弟早良亲王，他就将早良亲王关起来，断绝兄弟关系将其流放。但是早良亲王说自己是冤枉的，便绝食抗议，最后身亡了。
早良亲王死后，由于长期干旱饥饿开始，并且天花也开始蔓延。再加上桓武天皇的亲人一个接一个地逝去。据说这是早良亲王的怨灵作祟的，于是举行了镇魂仪式，但是在那两个月后，下了大雨河水泛滥，都城受到了很大的损坏。
因此，在长冈京生活了10年，桓武天皇决定再次迁都。
平安京
桓武天皇迁都到平安京时是794年。现在京都市的道路几乎就是当年平安京的道路，几乎就是这么被保留下来了。平安京的位置在长冈京的东北方向10公里。有了前面几次的经验，建设平安京就各方面都考虑地很周到。比如在平安京附近的河流建设港口，准备洪水对策，批准与政治无关的寺院的建立等等。
因此平安京除了平清盛迁都到福原京（今天的兵库县）那一时期，平安京一直到1868年都是日本的首都。
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